聖学院大学総合研究所は1988年4月の大学設置とともに、各学問領域の諸問題を学問的に研究・深化させ、諸学問間の対話を深め総合することをめざして創設された。
　今日の学問的状況の中で、研究領域として、「教育」「組織神学」「日本・アメリカ・ヨーロッパ」「日韓現代史」「政治経済」「人間福祉」「カウンセリング」「国際金融」の８つを掲げ、それぞれの領域に研究センターを設置している。次ページの組織図にあるように各研究センターの中に「科学教育研究室」、「キリスト教教育研究室」、「語学研究室」、「人間学研究室」「ドイツ神学研究室」、 ｢英米神学研究室 ｣、「ピューリタニズム研究室」、「アメリカ研究室」、 ｢日本研究室 ｣、「EU研究室」「英米文学研究室」、「地方自治研究室」が設置され、共同研究プロジェクトの推進、資料の収集、蓄積などにあたっている。
　1991年には、研究成果を出版物で公開するために、「聖学院大学出版会」が設置された。
　1996年には聖学院大学大学院政治政策学研究科が設置されたが、総合研究所はその研究部門に位置づけられた。現在も大学院の研究活動を推進する役割を果たしている。一例を挙げれば、「政治経済研究センター」では、大学院政治政策学研究科と共同で、埼玉県の重点施策を政策企画・実施・評価の観点から研究する「埼玉地域政策研究」を開講している。2004年度から埼玉県の自治体職員、地方議会議員を対象にした「聖学院ポリシー ･カレッジ」を大学院講座として開催している。また、大学院には1999年度に「アメリカ・ヨーロッパ文化学研究科」が開設されたが、「日本 ･アングロアメリカ研究センター」では、この研究科と共同で、海外から著名な学者を招聘し、大学院授業・研究集会を開催している。2006年度には大学院「人間福祉学研究科」を設置したのに対応して「人間福祉学研究センター」を立ち上げた。
　その他、2002年度には、韓国の翰林大学校日本学研究所と共同で「日韓現代史研究センター」を設立し、朝鮮半島の民衆がどのような経験をし、戦後の国家像をどのように描いていたのかを調査 ･研究している。また日韓現代史に関する重要資料の収集にあたっている。
　2003年度には「カウンセリング研究センター」を設置し、キリスト教カウンセリングの事例研究、心理相談「グリーフケア・ルーム」を開始し、2008年度にはスピリチュアルケア研究室を設置した。
　また2009年度には、これまで「国際金融研究室」として研究を進めてきた活動を、元日本銀行総裁であられた速水優聖学院大学全学教授を記念して、「速水優国際金融研究センター」と独立させて研究をさらに発展させることになった。